Музей в годы Великой Отечественной войны.

«...сбрасывали снег из 8 зала прямо на розовую лестницу. ...Температура –13-15. Изморозь покрывает стены и камень, и сверкает на солнце розовыми блестками мрамор, как в сказочном дворце...» Из воспоминаний А.Н. Замятиной

Великая Отечественная Война оставила глубокий cлед в истории Музея, памяти его сотрудников. Главной заботой стало сохранение музейного здания и коллекций. В самые тяжелые дни войны (июль-август 1941 г., сентябрь 1942 г.) в Новосибирск и Соликамск было эвакуировано около 110 000 наиболее ценных произведений. Но и после эвакуации в Музее оставалось свыше 260 000 экспонатов. Слепки малых и средних форматов переместили в подвалы, оставшиеся в залах 90 недемонтируемых памятников, укрывали мешками с песком, зашивали досками.

Летом и осенью 1941 года Москва подверглась массированным бомбардировкам. В ночь 21-22июля в Музей попало 8 зажигалок; в ночь 6-7 августа на его территории было погашено 150 зажигательных бомб. 14 октября тяжелая фугасная бомба упала в соседний двор (Волхонка, 14). Взрывной волной уничтожено 85% остекления крыши, повреждены ее конструкции, разбиты окна. Аварийные работы в Музее продолжались с 15 октября 1941 г. по 25 января 1942 г. и были официально признаны трудовым фронтом.

За период войны зданию и коллекциям Музея был нанесен тяжелый урон: утрачено 6 экспонатов, повреждены 24 картины, 1 скульптура, 218 слепков, 158 произведений декоративного искусства, 112 предметов художественной мебели. Разрушение здания Музея оценено в сумму свыше 1 400 000 рублей. Однако жизнь в Музее продолжалась, вопреки испытаниям. С начала 1942 года возобновилась научная и просветительская деятельность. Помимо лекций, прочитанных, как в Музее, таки в других аудиториях Москвы, а также в госпиталях и агитпунктах вокзалов, Музей организовал отчетные выставки работ московских и ленинградских художников.

32 сотрудника Музея награждены медалью «За оборону Москвы». В 1944 году директором Музея стал С.Д. Меркуров, известный скульптор, народный художник СССР. Под его руководством началось активное восстановление Музея. Возвратились эвакуированные экспонаты, началась подготовка новой экспозиции. Музей принимал спасенные художественные ценности: Дрезденскую картинную галерею, коллекцию графики Кёнигса, Троянскую коллекцию из раскопок Шлимана, сокровища Эпохи Великого переселения народов и Меровингов и другие памятники. 3 октября 1946 года Музей вновь открыт для публики.